2004年の11月から2006年の３月までの第２期は、研究会（京の川研究会及び国際京都学体系研究会）と交流見学会（見学体験会と文化交流サロン）の２つを柱に活動をいたしました。

ひとつの柱である研究会につきましては、まず「京の川研究会」を３回開催いたしました。具体的には第２回を「京の川と生きもの」のテーマで2004年11月13日（土）に開催。第３回を「小川治兵衛と美の世界」をテーマに2005年4月9日（土）に、第４回を「京の川と芸能」のテーマで2005年9月17日（土）に開催しました。第２回は古都京都の環境問題を考える機会とし、第３回は水と名庭の美の一端を学ぶ機会に、第４回は京の川と芸能との深い係りを考える機会といたしました。

また、国際京都学体系研究会は2005年4月より準備に入り、2005年10月発足。「地域学としての京都学と“国際”のついた京都学はどう違うのか」をテーマに2005年10月15日（土）に第１回を、「世界に京都を発信する―その内容と方法」をテーマに2005年12月10日（土）に第２回を開催しました。

もう一方の柱である交流見学会につきましては、まず見学体験会を３回開催いたしました。具体的には第２回を柊家で2004年12月19日（土）に、第３回を吉田山荘で2005年6月18日（土）に開催。いずれも館内見学、お食事会、座学会を開催。座学会のテーマは第２回が「京のもてなしと女将さん―老舗経営法」、第３回が「吉田山荘と京古ブランド」で行いました。第４回は2005年11月26日（土）車折神社の宝物鑑賞会と交流会を嵐山で開催しました。

また、会員の交流の場の定期的提供の目的で、西陣・冨田屋さんの協力を得て文化交流サロンを2005年4月よりスターさせました。2006年3月までに定期的に合計９回開催しました。

以上が、本協会の第二期の活動概略です。